Řídicím orgánem Operačního programu Životní prostředí je Ministerstvo životního prostředí. Zprostředkujícím subjektem je Státní fond životního prostředí ČR. Dohled nad programem vykonává Monitorovací výbor.
Monitorovací výbor průběžně monitoruje program, posuzuje jeho provádění a pokrok směrem k dosažení cílů programu, zohledňuje finanční údaje, společné ukazatele a ukazatele specifické programové období 2021-2027.
Monitorovací výbor se skládá ze zástupců řídicího orgánu, zprostředkujícího subjektu a zástupců partnerů (ministerstva, krajů, obcí, nestátních neziskových organizací, profesních organizací apod.). Každý člen Monitorovacího výboru má hlasovací právo. Evropská komise se účastní činnosti Monitorovacího výboru jako poradce.
